行政公益诉讼作为维护社会公共利益的重要法律手段，其起诉期限的把握至关重要。在实践中，由于起诉时间与侵害行为发生、检察建议发出的时间存在间隔，且行政机关履行职责需要一定时间，如何适用起诉期限成为一个颇具争议的问题。
目前，我国行政公益诉讼制度构建总体上采用了包容说的做法，即行政公益诉讼适用行政诉讼关于起诉期限的规定。然而，随着检察公益诉讼实践的不断发展，检察公益诉讼已逐步成为明显区别于民事诉讼、行政诉讼的独立诉讼形态，独立说也重新回到学者视野。
在现行行政诉讼法框架下，对于行政公益诉讼的起诉期限可以从以下几个方面进行把握。
首先，当检察机关制发检察建议后，行政机关仍不作为的，不受起诉期限限制。检察机关提起行政公益诉讼的对象多为特定领域内负有监督管理职责却违法行使职权或者不作为的行政机关，且此类行政行为在绝大多数情况下与公民、法人和其他社会组织没有直接利害关系，属于依职权行为。最高人民法院的行政裁定书中明确指出，只要行政机关存在依职权应履行的法定职责，行政机关即持续负担作为义务，该作为义务不因行政机关怠于履行而消灭。因此，当检察机关制发检察建议后，如果行政机关仍消极不作为，其履责义务呈持续存在状态，不受起诉期限的限制。
其次，经检察建议督促后行政机关积极作为的，检察机关应当在知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提起行政公益诉讼。虽然行政公益诉讼更加突出公益性质，但不能否定行政诉讼起诉期限制度的合理性和正当性。公益损害往往具有隐蔽性强、损害后果大、恢复时间长的特点，检察机关及时行使诉权才能使受到侵害的国家利益和社会公共利益得到及时救济和修复。一般以行政机关关于其履职行为的书面回复送达检察机关之日为起算点，若行政机关未作出回复，则以检察机关开展跟进调查，知道或者应当知道被诉行政行为之日起为起算点。同时，要充分运用好起诉期限的中止制度，对于因客观障碍无法整改到位的情况，检察机关应当依法中止审查，待障碍消除后恢复审查，被耽误的时间不应当计算在起诉期限内。
最后，检察机关提起确认无效之诉的，不受起诉期限限制。当行政行为存在重大明显违法情形时，行政行为自始、当然无效，当事人提起确认无效诉讼不受起诉期限限制，行政公益诉讼也适用这一规定。经检察建议督促、行政机关作出行政决定或者整改方案有重大明显违法的，检察机关应当提出确认无效之诉。
正确把握行政公益诉讼的起诉期限，对于实现司法谦抑性、法秩序安定性与社会公共利益保护之间的平衡具有重要意义。在实践中，我们需要根据具体情况，综合考虑各种因素，确保行政公益诉讼的起诉期限得到合理适用。同时，随着检察公益诉讼的不断发展，我们也需要进一步完善相关法律制度，为行政公益诉讼提供更加明确的法律依据，以更好地维护社会公共利益。
